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人體產(chǎn)生能量的過(guò)程中需要消耗氧氣生成活性氧物種。這個(gè)過(guò)程中，電子傳遞鏈的幾個(gè)步驟能產(chǎn)生副產(chǎn)物超氧化物陰離子。特別重要的是復合物III中的輔酶Q在被還原的過(guò)程中會(huì )變成了高活性的自由基中間體（Q·）。這種不穩定的中間體會(huì )發(fā)生電子的“泄漏”（丟失電子），“泄漏”的電子跳出正常的電子傳遞鏈，直接將氧分子還原生成超氧負離子。過(guò)氧化物也可以由還原態(tài)的黃素蛋白比如復合體Ⅰ的氧化產(chǎn)生。然而，盡管這些酶會(huì )生成氧化劑，但是不清楚電子傳遞鏈相比其他同樣可以產(chǎn)生過(guò)氧化物的生化過(guò)程是否更為重要。在植物、藻類(lèi)和藍菌進(jìn)行光合作用的過(guò)程中尤其是在高輻照強度下，同樣會(huì )產(chǎn)生活性氧物種，但是類(lèi)胡蘿卜素作為光保護劑吸收過(guò)度強光保護細胞，藻類(lèi)、藍菌中所含的大量碘和硒也能抵消高輻照強度對細胞造成的氧化損傷,類(lèi)胡蘿卜素、碘和硒作為抗氧化劑通過(guò)與被過(guò)度還原的光合反應中心反應避免活性氧物種的產(chǎn)生。